Cuando te enfermas o sufres un accidente en Colombia, la ley garantiza un subsidio económico para proteger tus ingresos. Si el origen es común, la empresa asume los dos primeros días y la EPS a partir del día 3. Si el accidente o enfermedad es laboral, la ARL paga el 100 % desde el primer día. Además, la Corte Constitucional prohíbe pagar menos del salario mínimo diario.
Quién paga cada día de tu incapacidad médica
La entidad responsable y el porcentaje del pago dependen del origen médico del certificado:
1. Incapacidad de origen común (enfermedad general o accidente fuera del trabajo)
- Días 1 y 2: Paga el empleador al 66,67 % del salario ordinario (art. 227 CST y Decreto 2943 de 2013, art. 1).
- Días 3 al 90: Paga la EPS al 66,67 % del Ingreso Base de Cotización (IBC).
- Días 91 al 180: Paga la EPS al 50 % del IBC.
- Días 181 al 540: Paga el Fondo de Pensiones (AFP) al 50 % del IBC, siempre que exista concepto favorable de rehabilitación emitido por la EPS antes del día 150.
2. Incapacidad de origen laboral (accidente de trabajo o enfermedad profesional)
Paga la Administradora de Riesgos Laborales (ARL) al 100 % del salario desde el día siguiente a aquel en que ocurrió el accidente o se diagnosticó la enfermedad laboral (Ley 776 de 2002, art. 3). El día del accidente lo paga la empresa como jornada ordinaria.
La regla del salario mínimo de la Corte Constitucional
Aunque la ley general hable de pagar el 66,67 % o el 50 %, la Corte Constitucional de Colombia (Sentencias C-543 de 2007, T-004 de 2014 y T-490 de 2015) fijó una regla de protección del mínimo vital:
Ninguna persona trabajadora puede recibir por concepto de incapacidad un valor diario inferior a un salario mínimo diario legal vigente ($58.364 en 2026).
Esto significa que si devengas el salario mínimo, recibirás el 100 % de tu salario diario durante toda tu incapacidad. Si ganas más del mínimo, el 66,67 % o 50 % nunca podrá calcularse por debajo de esa cifra diaria.
Descuentos de nómina y auxilio de transporte
Durante los periodos de incapacidad aplican las siguientes reglas de nómina en Colombia:
- Seguridad social del trabajador: En la incapacidad de origen común, se le continúa descontando al trabajador el 4 % para salud y el 4 % para pensión sobre el valor del subsidio recibido, garantizando que sume semanas de cotización.
- Aportes patronales: La empresa continúa asumiendo sus aportes a salud, pensión y parafiscales según corresponda. No se aporta a ARL mientras dure la incapacidad.
- Sin auxilio de transporte: Al no tener que trasladarse al centro laboral, no se genera ni paga el auxilio de transporte legal durante los días de reposo médico.
¿Quién hace el trámite ante la EPS o la ARL?
Según el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012, el trabajador no tiene que hacer filas en la EPS. Su única obligación es entregar oportunamente a la empresa el certificado médico expedido o convalidado por la red médica.
El empleador está legalmente obligado a pagarle directamente al empleado en sus fechas habituales de quincena o mes, y es la empresa la que tramita el reembolso ante la EPS o ARL. Si la empresa alega que la EPS no le ha pagado, no puede suspender el pago al trabajador.
Ejemplos resueltos de incapacidad
Incapacidad común de 5 días con el salario mínimo ($1.750.905)
Total bruto reconocido: $291.820 (neto tras salud y pensión: $268.474).
- Incapacidad asumida por la empresa (días 1 y 2): $116.728 ($58.364 × 2 días)
- Subsidio por incapacidad cubierto por la EPS: $175.092 (3 días al 66,67 % (piso legal $58.364/día))
Incapacidad de origen laboral (ARL) de 15 días ganando $2.500.000
Total bruto reconocido: $1.249.995 .
- Incapacidad de origen laboral (ARL al 100 %): $1.249.995 ($83.333 × 15 días al 100 %)
Incapacidad común prolongada de 120 días ganando $3.000.000
Total bruto reconocido: $7.750.950 (neto tras salud y pensión: $7.130.874).
- Incapacidad asumida por la empresa (días 1 y 2): $133.334 ($66.667 × 2 días)
- Subsidio por incapacidad cubierto por la EPS: $7.617.616 (88 días al 66,67 % y 30 días al 50 % (piso legal $58.364/día))
Preguntas frecuentes sobre incapacidades
¿Quién paga los dos primeros días de incapacidad común?
La empresa empleadora debe pagar los días 1 y 2 de incapacidad de origen común al 66,67 % del salario ordinario (o al 100 % si la empresa tiene esa política de bienestar, art. 227 CST y Decreto 019 de 2012).
¿Si gano el salario mínimo me descuentan el 33 % de incapacidad?
No. La Corte Constitucional determinó de manera reiterada (Sentencias C-543 de 2007 y T-004 de 2014) que ningún subsidio de incapacidad puede ser inferior al salario mínimo diario legal ($58.364 en 2026). Por principio del mínimo vital, quien gana el salario mínimo recibe el 100 % de su valor diario.
¿Cuánto paga la ARL en un accidente de trabajo?
La Administradora de Riesgos Laborales (ARL) paga el 100 % del salario base de cotización desde el día siguiente al accidente o reporte, durante todo el tiempo que dure la incapacidad médica.
¿Me pagan auxilio de transporte mientras estoy incapacitado?
No. El auxilio de transporte tiene por fin legal cubrir el traslado diario al puesto de trabajo. Mientras te encuentras incapacitado en reposo médico, no se genera el auxilio de transporte.
¿Tengo que hacer la fila en la EPS para radicar la incapacidad?
No. El artículo 121 del Decreto Antitrámites (Decreto 019 de 2012) ordena que el trámite de transcripción y cobro ante la EPS le corresponde única y exclusivamente al empleador. El trabajador solo entrega el certificado médico a su empresa y esta debe pagarle en sus fechas de nómina.
¿Quién paga las incapacidades después de 180 días?
Entre el día 181 y el 540, el subsidio lo asume el Fondo de Pensiones (AFP) al 50 % del salario base, siempre que la EPS haya emitido concepto favorable de rehabilitación. Si la EPS no emitió el concepto antes del día 150, la EPS debe seguir pagando.
Fuentes legales
- Código Sustantivo del Trabajo: Art. 227 (valor de auxilio por enfermedad no profesional).
- Ley 100 de 1993: Art. 206 (incapacidades por enfermedad general).
- Ley 776 de 2002: Art. 3 (subsidio por incapacidad temporal de origen laboral).
- Decreto 019 de 2012: Art. 121 (trámite de cobro de incapacidades a cargo del empleador).
- Decreto 2943 de 2013: Art. 1 (dos primeros días a cargo del empleador).
- Corte Constitucional: Sentencia C-543 de 2007 y Sentencia T-004 de 2014 (piso del salario mínimo).